Im Jahr 1551 führten die lippischen Landesherren die Reformation ein. 1583 wurde der Konvent in ein evangelisches Damenstift umgewandelt. Von Knechtsteden aus betrieb man im 17. Jahrhundert eine Rekatholisierung. Die Abtei erhielt allerdings lediglich die Hoheit über einen Teil der Cappeler Güter, für deren Verwaltung man 1651 im Hof Eikeloh (bei Erwitte) eine Zweigniederlassung errichtete. Das Klostervermögen entging der Säkularisation und wurde 1971 mit demjenigen des Marienstifts in Lemgo vereint, so dass das Stift Cappel gewissermaßen bis heute fortbesteht.
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